קורסי התוכנית נחלקים לשלוש חטיבות ולאשכול "גן חושב" בהתאם לתחום התוכן ולדגש המרכזי של הקורסים:
חטיבה א': קורסים מתמטיים – קורסים שבהם ניתן דגש על הצד הדיסציפלינארי מתמטי.
חטיבה ב': קורסים בחינוך מתמטי – קורסים שבהם הדגש הוא על חינוך מתמטי והתפתחות קוגניטיבית של הלומדים.
חטיבה ג': קורסים במתודולוגיה וסמינריונים – קורסים מתודולוגיים או עיוניים שאינם ייחודיים לתחום המתמטי.