המכון הישראלי לחינוך היסטורי מקיים פעילות מחקרית ענפה במגוון אפיקים, ובהם הובלת קבוצות מחקר, ריכוז צוותי חשיבה ופרסום קולות קוראים מטעם המכון. פעילות המחקר של המכון מתרכזת בנושאים של עיצוב מדיניות חינוך היסטורי, בזירות בהן מתקיים חינוך היסטורי, באפיון ומחקר של סוכני וצרכני חינוך היסטורי ובירור מעמיק ונרחב של האוריינטציה של החברה הישראלית לעבר. בהלימה לחזונו של המכון, מיזמי המכון מביאים יחדיו לפעילות מחקר משותפת חוקרים מובילים בתחומם, פרחי הוראה, מורים בפועל, אנשי רוח ויצירה, אנשי תקשורת, מעצבי מדיניות חינוך ועוד. 

מחקרים מטעם המכון:

חינוך היסטורי: זירות וזיקות
קבוצת מחקר החוקרת את מגוון המרחבים בהם מתקיים חינוך היסטרי ואת הקשרים בין מרחבים אלו.

חינוך היסטורי בגיל בית הספר היסודי, ד"ר חן פינץ, החוג למקרא, סמינר הקיבוצים
לקול הקורא 

צוות חשיבה בנושא "חינוך היסטורי מהו" בראשות ד״ר מיכל ווסר ובשיתוף מכון מופ״ת
קבוצת עבודה לגיבוש תוצרים חינוכיים וניירות עמדה בנושא חינוך היסטורי