המכון לחינוך מתקדם פועל לשדרוג מערכות חינוך בית ספריות ואזוריות ברוח האידיאלים והסטנדרטים של החינוך ההומניסטי. מתוך אמונה ששיפור משמעותי בחינוך יכול לצמוח רק מתוך שיתוף פעולה בין אקדמיה לשטח, קרי בין תיאוריה לפרקטיקה, המכון מקפיד לקיים בכל שנה שיתופי פעולה עם מספר בתי ספר ברחבי הארץ. שיתוף הפעולה בנוי על חזון משותף כבוד הדדי, הכרה בערך האחר, ורצון לשדרג את המוסד החינוכי ולקדמו לתרבות חינוכית מיטבית עבור הילדים, המורים וההורים. מרבית המיזמים נעשים בשיתוף פעולה עם הגף לניסויים ויוזמות של משרד החינוך, וכן בתוך בית הספר, עם קהילת ההורים, המורים, הרשות המקומית והפיקוח של משרד החינוך. לזכותו של המכון נזקפת העובדה שלא רק שסטודנטים של סמינר הקיבוצים- המכללה לחינוך, לטכנולוגיה ולאמנויות (ע"ר) משתלבים בבתי הספר ושסגל המורים הולך ומשביח, אלא גם שבתהליך ההעצמה והפיתוח של מנהלות בתי הספר הגענו למצב שבו שתיים כבר השתלבו בצוות התוכנית לפיתוח מנהלים של מכללת סמינר הקיבוצים.
